La Flora
Il clima mediterraneo e l'insularità sono gli elementi principali che influenzano la vegetazione dell'Arcipelago Toscano.
A dominare sono le piante sempreverdi, esemplari dalle foglie coriacee, protette da un'epidermide robusta e praticamente impermeabile; oppure piante con foglie ridottissime, a volte trasformate in spine, o del tutto mancanti, come nel caso delle ginestre.
Della vegetazione originaria, composta un tempo da grandi foreste di leccio, sopravvivono oggi solo pochi boschi cedui. Sull'isola d'Elba, la complessa natura del territorio nelle varie altitudini, ha favorito la presenza di boschi di castagno; sui rilievi è da segnalare la presenza del tasso e del carpino nero.
La formazione vegetale oggi più diffusa nel parco, è costituita dalla macchia mediterranea: una vegetazione spontanea, ma, anche il risultato di una pesante azione dell’uomo sull’ambiente.
Questa profumatissima vegetazione, presenta molteplici specie, come il corbezzolo, l'alaterno, il lentisco, il ginepro fenicio, il mirto, le eriche, il rosmarino, la lavanda, le splendide ginestre e i coloratissimi cisti.
Da ricordare inoltre la linaria di Capraia e il giglio di mare.
La Fauna
Tra gli esemplari che caratterizzano la fauna delle isole, troviamo specie quali il venturone, il sordone, la raganella tirrenica, il discoglosso sardo e il geco tirrenico o tarantolino.
I mammiferi terrestri sono quelli tipici dell'ambiente mediterraneo: particolarmente rilevante è la presenza della martora, diffusa e visibile è anche la presenza del coniglio selvatico.
Dopo l'estinzione del cinghiale maremmano avvenuta nell'ottocento, dal 1963 è stato introdotto, per scopi venatori, il cinghiale centroeuropeo, specie che si è riprodotta a dismisura all'Elba.
Le isole dell'Arcipelago rappresentano il punto di sosta e di nidificazione per diverse specie di uccelli migratori, come la strolaga (nidificante in Scandinavia) e lo smergo minore.
Osservando il mare, si possono avvistare uccelli, come la berta minore mediterranea, presente verso la fine dell'inverno e la berta maggiore, in estate. Tra le specie che l'area protetta ospita, vivono anche la sula, il cormorano e il marangone dal ciuffo.
Oltre alle numerose colonie di gabbiani reali, è presente il gabbiano corso, raro esemplare che è stato scelto come simbolo del parco.