La storia della città di Prato inizia, di fatto, con l’invasione dei Longobardi nel VI sec. d.C., che si stanziano nella Val di Bisenzio e nella zona di Montemurlo, anche se pare accertato che la zona fosse già abitata nel paleolitico e in seguito da liguri, etruschi (VII-V sec. a.C.) e infine i romani. Nell’area incentrata sull’odierna piazza del Duomo, va formandosi, appunto, in epoca romana il «pagus Cornius», centro politico, religioso e commerciale di una zona ampiamente colonizzata nel periodo sillano.
La guerra goto-bizantina del VI sec. d.C. provoca la distruzione di questo abitato, ma si ricostituisce col Borgo al Cornio, l’antica patria. La prima notizia del Borgo al Cornio, è riportata in un documento dell’874 che risulta “actum a loco Cornio finibus Pistorii”; in altro documento del 994 si accenna a un “burgo prope...ecclesia Sancti Stephani” che ben sappiamo essere la pieve del Borgo al Cornio.
Il Borgo giunge ben presto a notevole importanza, racchiudendo entro le sue fortificazioni chiese, battistero, «corti» che amministrano la campagna. Nella seconda metà dell’XI sec. si riuniscono a formare la città due nuclei abitativi distinti: il Borgo al Cornio (corrispondente a quattro strade, incrociate a scacchiera, appena a sud dell'attuale Piazza del Duomo nei pressi del quale doveva già esistere l’antica pieve di Santo Stefano) e il castello di Pratum (poi castello dell’Imperatore) dei Conti Alberti, che sorge poco distante e che attribuisce il nome alla città.
Nello stesso periodo viene conclusa l'opera di bonifica della Piana e la costruzione del sistema idrico, che regola il corso del fiume Bisenzio (grazie alla pescaia detta Cavalciotto, presso Santa Lucia, tuttora esistente), e ne incanala le acque in una fitta rete di gore, che servivano per far funzionare le gualchiere, vale a dire gli opifici tessili.
La popolazione pratese si dà una forma governativa autonoma: il Comune, affidato a consoli e podestà, eletti in carica per sei mesi. Per due secoli Prato conosce una forte espansione urbana (vengono quasi raggiunti i 15000 abitanti), dovuta alla fiorente industria della lana e alla forte devozione verso una reliquia appena giunta: la Sacra Cintola.
L'urbanizzazione è testimoniata dalla necessità di costruire due nuove cerchie di mura, una intorno alla metà del XII secolo e l'altra a partire dal 1300. Nello stesso periodo, Prato è al centro di accanite lotte di fazione tra guelfi e ghibellini, e subisce la scomoda e invadente vicinanza di Firenze che ne determina anche la vita politica e istituzionale.
Persistendo la minaccia fiorentina, Prato decide nel 1313 di offrire la Signoria perpetua della città a Roberto d’Angiò che pretende gravosi oneri; a nulla vale la missione pacificatrice del cardinale Niccolò da Prato, discendente della nobile casata feudale degli Alberti. Il pesante dominio angioino, provoca nel 1340 una sollevazione popolare contro il Vicario Regio, e nei successivi eventi prevale la famiglia Guazzalotti. Le mire di Firenze si ridestano prendendo a pretesto una controversia penale. Prato cade così sotto il dominio fiorentino nel 1350.
Fra Prato e Firenze non correva buon sangue, lo documenta anche Dante nella Divina Commedia, nella sua invettiva contro Firenze (Godi, Fiorenza...), dove ne profetizza l'imminente declino:
« Ma se presso al mattin del ver si sogna,
tu sentirai di qua da picciol tempo
di quel che Prato, non ch'altri, t'agogna. »
(DANTE ALIGHIERI, Divina Commedia, Inferno, canto XXVI)
Pur nella stasi economica la città vive tra la fine del Trecento e il secolo seguente un periodo culturalmente ed artisticamente felice, arricchendosi soprattutto di preziose testimonianze rinascimentali. Così l’arte della lana è abbastanza attiva e già dal XIII sec. si parla di «stoffe pratesi». Ricorderemo la nota figura del mercante Francesco di Marco Datini (1335-1410), che torna in patria verso il 1382, arricchito dai negozi avignonesi, lascia alla sua morte, avvenuta nel 1410, beni valutati 80.000 fiorini da destinarsi alla costituzione di un «Ceppo», ossia fondazione, a favore dei poveri. Ser Francesco con centomila e più lettere e seicentomila cambiali conservate all’archivio di Palazzo Datini, sempre a Prato, è la fonte più ricca di notizie relative al Medioevo europeo per la storia economica. Da Avignone a Roma, nel Trecento, non c’era persona che non lo conoscesse nel mondo degli affari.